Le 6 avril 1941, les troupes allemandes envahirent la Yougoslavie, et le gouvernement capitula aussitôt. Un grand nombre de Serbes furent massacrés en de terribles atrocités commises par les forces de l’Axe et par les Oustachis, une organisation terroriste croate qui collabora avec les Nazis afin d’obtenir leur appui politique. 750,000 hommes, femmes et enfants furent massacrés, et des milliers furent envoyés dans les camps de la mort en Allemagne.
Le 6 avril, l’Allemagne attaque la Yougoslavie à la suite de la remise en question du Pacte tripartite signé par le régent Paul. Le pays est envahi en quelques jours.
Les nazis installent le 10 avril à Zagreb un « État indépendant de Croatie » et placent à sa tête Ante Pavelic, le leader du mouvement Oustacha, rentré d’exil.
Démembrée, la Yougoslavie est le théâtre d’une sanglante et complexe guerre qui, sur fond de conflit mondial, oppose à la fois collaborateurs et résistants locaux.
La politique de terreur menée par Ante Pavelic, notamment à l’égard des Serbes et des opposants.
Face à environ 60 000 oustachis sur lesquels s’appuie le régime de Pavelic, la résistance s’organise dès l’insurrection armée du 22 juin 1941. Celle-ci marque le début d’un mouvement dont l’ampleur croissante supplantera, en 1943, l’effectif militaire oustachi.
Sur l’ensemble du territoire yougoslave, Tito compte alors quelque 300 000 Partisans. Après l’entrée de l’Armée rouge à Belgrade en octobre 1944, le mouvement des Partisans prend également de l’ampleur.
Les Partisans yougoslaves de Tito, qui les combattent, bénéficient quant à eux du soutien grandissant des Alliés. Implantés essentiellement en Bosnie-Herzégovine et en Croatie jusqu’à la capitulation italienne, en 1943, ils rassembleront des combattants.
Le bilan humain de quatre années de guerre est lourd. La guerre civile entre partisans communistes, oustachas croates et bosniaques, d’une part, et de l’autre, les combats contre l’occupant allemand et italien, causèrent la mort de 1 million de personnes.
Les victimes serbes forment près de la moitié d’entre-elles. Outre les victimes civiles et militaires des faits de guerre, ce bilan comprend également les victimes tuées dans les camps de concentration comme dans les campagnes d’épuration à la fin de la guerre. C’est notamment le cas des 500 000 Serbes, Juifs, Tziganes tués dans le camp oustachi de Jasenovac.